Tássio, acho que existe muitas possibilidades e ideias.

Acho que deve-se pensar num esquema que permita uma certa hierarquização de tags, mas que não seja restrito à hierarquização.
Por exemplo, se pensarmos num repositório de fotos de um(a) biólog@, faz sentido que utilizemos algumas tags hierarquizáveis, seguindo a "Taxonomia de Lineu" (como "Império", "Reino", "Filo", etc).
Ao mesmo tempo, se pensarmos em "Artista autônomo", pode ser uma subcategoria de "música", "foto", "video", e a "repetição" não faria sentido, eu acho.....

Não estudei ontologias à fundo de forma suficiente, mas talvez até seja possível pensar em um sistema de categorização que permita a hierarquia integrada à "multi-classificação" e que resolve o problema que eu citei, ai não sei dizer com certeza. rs

Outra coisa que é citada em algum dos links que coloque é que talvez seja interessante permitir uma "tag principal", com um peso maior que as outras.

E porque não pensar em "peso" para as tags em cada arquivo? Isso poderia ajudar na ordenação das buscas.....

Enfim, várias ideias... hehehe